Les Cahiers de Laboratoire Electroniques

Mercredi 3 Février 2021, Marie-Emilia Herbet et Jérémie Leonard, de l’Université Claude Bernard Lyon 1, ont fait la présentation de l’outil libre eLabFTW et de ses usages dans un webinaire accessible en ligne.

Au-delà de cette présentation, il est intéressant de faire un point sur l’usage de ces Cahiers de Laboratoire Electroniques (CLE), ou Electronic Laboratory Notebooks (ELN), et de présenter les opportunités que ce type d’outils présente.

Qu’est-ce qu’un CLE?

Un CLE est un logiciel permettant à un ou plusieurs utilisateurs de créer des fichiers de notes et de les organiser dans des dossiers, mais également de partager de  nombreux outils collaboratifs et scientifiques : calculs mathématiques, simulation 3D, créations de graphiques, ou encore lecture et interprétation de codes informatiques. Il fait office de « journal de bord » d’une équipe.

Les premiers CLE ont vu le jour à la fin des années 80, principalement dans le domaine pharmaceutique (les CLE se rapprochant alors des LIMS, ou Systèmes de Gestion de l’Information de Laboratoire), et aujourd’hui, de nombreuses solutions existent, gratuites (RSpace, HiveBench, Jupyter Notebook, eLabFTW…) ou en version commerciale (eLabJournal, CERF, E-Notebok…).

Certains des CLE sont spécialisés dans des domaines bien précis, tels que Labii ELN en biotechnologie, ou Elements en chimie.

Pourquoi utiliser un CLE là où un cahier et un ordinateur suffiraient ?

C’est justement sur ce point précis que les CLE se distinguent : cet article de 2014 en liste un certain nombre d’avantages, notamment :

  • la capacité de mémorisation et de transfert des informations
  • la traçabilité (et donc, le moyen de faire la preuve d’antériorité d’un travail de recherche)
  • la propriété intellectuelle des données contenues dans les CLE (grâce aux signatures électroniques)
  • le travail collaboratif

On peut citer d’autres exemples, comme la génération de protocoles pour des molécules sélectionnées chez LabRat-IF, ou la gestion d’inventaires avec un système de création de code-barres avec eCat.

Enfin, les Cahiers de Laboratoire Electroniques disposent très souvent d’un système d’interprétation de code informatique dans différents langages (Python, Julia et R pour les notebooks Jupyter, de même pour eLabFTW, qui interprète jusqu’à 16 langages différents !), ce qui permet d’utiliser de nombreux outils de calcul statistique ou de réalisation de graphiques, parfois connectés à une base de données incluse avec l’outil.

Les seules contraintes à ce jour sont la nécessité de former les personnels à de tels outils, la mise en place des CLE demandant parfois des compétences informatiques et techniques bien particulières, et, pour certaines disciplines, le volume important de données à gérer qui se monte parfois rapidement à plusieurs dizaines de Go.

Quel avenir pour les CLE?

Compte tenu du nombre d’acteurs sur le marché, et à l’aube des questions de Science Ouverte, de science participative et de plans de gestion de données (les fameux PGD/DMP), les CLE sont en passe de devenir des outils incontournables pour les acteurs de la Recherche en France comme à l’étranger : aux Etats-Unis par exemple, de nombreuses universités renommées ont investi sur ces technologies (Caltech, Harvard ou le MIT pour en citer quelques-uns).

En France, plusieurs groupes de travail réfléchissent aux usages de cet outil, afin de mettre en place des préconisations ainsi qu’un cadre juridique et technique : pour cela, le CNRS a réalisé une enquête auprès de ses chercheurs, dont les résultats sont accessibles. Cette démarche est en cours également avec le groupe de travail sur les cahiers de laboratoire au sein du Comité pour la Science Ouverte, ainsi qu’à l’INRAE.

Pour aller plus loin :

Si le sujet vous intéresse, vous pouvez lire cette expérimentation des cahiers de laboratoire électroniques menée à l’Inserm.

Le CNRS a également consacré une visioconférence lors des JSO du CNRS sur les CLE, avec un support.

Voici également un tableau comparatif de plusieurs solutions de notebooks.

Et ici une vidéo des usages d’un CLE par le programme de biotechnologie de l’Université de Caroline du Nord (NSCU) :


1 réponse

  1. 31/03/2021

    […] Le carnet en ligne Reservoar, tenu par la bibliothèque universitaire d’Aix-Marseille Université, revient sur l’enjeu des […]

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